主要

T细胞耗竭是一种功能低下的状态，其特征是效应功能降低和抑制性受体表达增加，由持续的抗原暴露和恶劣的微环境引起7。在癌症中观察到的耗竭性T细胞（Tex细胞）无法清除恶性细胞，这种局限性介导了对免疫疗法产生耐药性的关键机制1、2、3。耗竭程序会产生异质性的Tex细胞群。祖细胞样耗竭性T细胞（Tprog细胞）保留了干细胞特性和自我更新能力，它们对免疫检查点阻断（ICB）疗法有反应，并能分化为具有溶细胞能力的中间型T细胞（Tint细胞）8、9、10。相反，终末耗竭性T细胞（Ttex细胞）会随着时间推移不断积累，且对ICB疗法反应不佳8、11、12、13。T细胞耗竭还会限制嵌合抗原受体（CAR）T细胞疗法对实体瘤的疗效14、15、16、17。因此，更好地理解T细胞耗竭对于克服当前免疫疗法的局限性至关重要。

尽管转录组学分析为Tex细胞生物学提供了见解，但在不同生物体中，mRNA的丰度并不总是蛋白质表达的可靠代表18、19、20、21、22。先前的研究表明，无论功能状态如何，T细胞中mRNA与蛋白质的相关性都较差23、24、25，且转录后调控在T细胞分化和功能中具有重要意义26。在这种情况下，一张高分辨率的Tex细胞蛋白质组图谱将具有重要价值。在本研究中，我们确定了不同环境下Tex细胞的蛋白质组图谱，包括体外耗竭模型、小鼠体内慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）感染模型，以及结肠肿瘤和膀胱肿瘤小鼠模型。我们发现，转录本和蛋白质水平之间存在通路特异性的不一致。

我们还阐明了与Tex细胞特异性蛋白稳态反应（PSR）相关的复杂蛋白质水平调控层面。研究表明，Tex细胞中的PSR与未折叠蛋白反应和整合应激反应存在相似之处。然而，一个显著的差异是，Tex细胞中的PSR以整体蛋白质合成增加为特征。我们将这种与Tex细胞相关的PSR特征称为Tex-PSR，其进一步特征是伴侣蛋白（如gp96（也称为GRP94，由Hsp90b1编码）和BiP（由Hspa5编码））的选择性激活，以及主要由AKT通路持续激活驱动的蛋白质聚集体积累。仅引入错误折叠的蛋白质就可以将效应T细胞（Teff细胞）转化为Tex细胞，这表明蛋白质稳态失调在T细胞耗竭中的因果作用。最后，我们证实Tex-PSR也是癌症中人类Tex细胞的一个标志，并且它可能导致对癌症免疫治疗的耐药性。