HPV疫苗可预防导致大多数HPV相关癌症的菌株。
目前有三种不同的HPV疫苗可用于常规疫苗接种，它们涵盖了导致大多数HPV相关癌症的HPV毒株。
1.） 第一个 FDA 批准的 HPV 疫苗是一种称为 Cervarix 的二价疫苗。它被批准仅用于女性，并提供对 HPV 16 型和 18 型的保护，这些 HPV 约占全球所有宫颈癌的 70%。
2.） 四价疫苗 Gardasil 扩大了对男性和女性的保护范围，包括对 HPV 16 型和 18 型的保护，但也增加了对 HPV 6 型和 11 型的保护，这些 HPV 占大约 90% 的生殖器疣。
3.） 最新上市的 HPV 疫苗是 9 价 HPV 疫苗，称为 Gardasil 9。它于 2014 年 12 月获得 FDA 许可，并于 2015 年 2 月获得免疫实践咨询委员会 （ACIP） 的推荐。它目前被许可用于 9-26 岁的男性和女性。除了针对 HPV 16 型和 18 型（如二价）和 6 型和 11 型（如四价）外，9 价疫苗还增加了五种额外的致癌类型（HPV 31、33、45、52、58）。
虽然ACIP目前没有建议疫苗之间的偏好，但研究人员发现，与其他HPV疫苗相比，9价疫苗的保护作用增加了13%。总体而言，9价HPV疫苗将对宫颈癌的保护率提高到80%，并增加了对其他HPV相关癌症的保护，包括外阴癌（从71%到92%）、阴道癌（从73%到98%）、阴茎癌（76%到90%）和肛门癌（87%到96%）。它还可以预防另外 8% 的口咽癌，包括舌根癌和扁桃体癌（第二常见的 HPV 相关癌症）。
疾病预防控制中心报告说，在以前未接触过目标HPV类型的人群中进行的HPV疫苗临床试验显示，疫苗在预防宫颈癌前病变、外阴和阴道癌前病变以及由疫苗类型引起的女性生殖器疣方面的效力接近100%，在预防生殖器疣方面的疫苗效力为90%，在预防男性肛门癌前病变方面的疫苗效力为75%。
据估计，如果每个人都按照建议接种九价HPV疫苗，每年可以预防约29,000种癌症。
